Maakunnan yleistä hallintoa, valmistelua ja täytäntöönpanoa johtaa maakuntavaltuuston nimeämä maakuntahallitus. Hallitukseen kuuluu puheenjohtajana toimivan maakuntajohtajan lisäksi kymmenen varsinaista jäsentä ja yhtä monta henkilökohtaista varajäsentä. Maakuntahallituksen kokoonpanoista sen käsitellessä Kainuun kehittämisrahaa ja rakennerahastolain mukaisia tehtäviä on säädetty hallintokokeilulaissa.
Maakuntavaltuusto nimeää hallituksen varsinaisista jäsenistä kaksi varapuheenjohtajaa. Hallitus valitaan maakuntavaltuuston toimikaudeksi, ellei valtuusto ennen valintaa päätä lyhyemmästä toimikauden pituudesta. Esittelijänä toimii maakuntajohtaja tai hänen estyneenä ollessaan maakuntahallituksen tehtävään määräämä henkilö.
Tehtävät:
Vastaa Kainuun alueen yleisestä kehittämisestä ja elinkeinopolitiikasta, luo ja ylläpitää menestyksellisiä yhteistyösuhteita koti- ja ulkomailla sekä vastaa maakunnan markkinoinnista ja viestinnästä.
Vastaa maakunnan hallinnon ja toimintojen johtamisesta ja kehittämisestä, palvelutarjonnan ja –tason sekä strategisten kehittämislinjojen määrittelystä, voimavarojen jaosta ja tulostavoitteiden asettamisesta toimialoille ja viranhaltijoille maakuntavaltuuston hyväksymien periaatteiden pohjalta sekä maakunnan talouspolitiikasta, henkilöstöpolitiikasta ja sisäisen valvonnan järjestämisestä.
Toimii rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnoinnista annetun lain 17 §:ssä ja alueiden kehittämislain 12 §:ssä tarkoitettuna maakunnan yhteistyöryhmänä; sekä valvoo maakunnan etua sekä edustaa maakuntaa ja käyttää sen puhevaltaa.
