Johtokunta toimii sosiaali- ja terveyslautakunnan alaisena toimielimenä. Johtokunnan tehtävänä on ohjata ja valvoa Kainuun Työterveyden toiminnan suunnittelua ja toteutusta sekä asettaa toiminnalle tavoitteet ja seurata tavoitteiden toteutumista sosiaali- ja terveyslautakunnan hyväksymien päätösten mukaisesti.
Kainuun Työterveyden johtokuntaan kuuluu kuusi varsinaista jäsentä ja yhtä monta henkilökohtaista varajäsentä. Johtokunnassa tulee olla edustettuna taloushallinnon ja työterveyshuollon asiantuntemus. Palveluja hankkivien yhtymien, laitosten ja asiakasryhmien edustuksen johtokunnassa tulee olla tasapuolinen ja riittävä.
Maakuntahallitus nimeää johtokunnan, sen puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan.
Johtokunnan kokousmenettelyssä noudatetaan Kainuun maakunnan johtosääntöjen määräyksiä ja soveltuvin osin maakuntavaltuuston työjärjestystä.
